Las primeras constituciones de la provincia de Jujuy no contuvieron disposiciones sobre organismos de control y fiscalización de la hacienda pública. Es recién con la reforma constitucional de 1935, que la Convención Constituyente convocada por el Gobernador Arturo Perez Alisedo, creó el Tribunal de Cuentas.
El nuevo texto constitucional dispuso que ningún pago podía hacerse sin intervención de la Contaduría, pero la aprobación o desaprobación de la percepción e inversión de los caudales públicos estaría a cargo de un Tribunal de Cuentas, cuya Ley orgánica debía dictar la Legislatura en el primer período de sesiones que celebrara después de sancionada la reforma.
Creado el Tribunal de Cuentas por mandato constitucional, la Legislatura de Jujuy sancionó el 28 de agosto de 1935 la Ley de Contabilidad, uno de cuyos capítulos se constituyó en la norma marco reguladora de la función del nuevo órgano de control. Integraban aquel Tribunal de Cuentas un Presidente con título de abogado, y dos Vocales Contadores, nombrados por la Legislatura a propuesta en terna del Poder Ejecutivo.
Sin embargo, es con la última reforma de la Carta Magna Provincial en el año 1986, que el Tribunal de Cuentas adquiere su verdadera dimensión y su perfil institucional definitivo como órgano de control externo de la hacienda pública provincial. Reformulado en un colegio de mayores dimensiones (cinco miembros), constituido en Salas para optimizar su funcionamiento, tiene en la actualidad un ámbito de competencias más extenso del que originariamente le había asignado la norma constitucional de su creación.
En 2023, a partir de la reforma de la Constitución Provincial promovida por el Gobernador Gerardo Morales, el Tribunal de Cuentas de Jujuy, pasa a denominarse Auditoria General de la Provincia de Jujuy conformada por siete Auditores Generales que componen el Colegio de Auditores Generales. La nueva conformación busca una nueva filosofía del control dirigida a la mejora continua en la gestión, a través del valor preventivo y correctivo de la actividad de control y la publicidad de sus informes.
El marco normativo que gobierna el actuar de la Institución está compuesto por: la Constitución de la Provincia (Sección XII, Cap. II, arts. 222 a 224), la Ley Nº 6364 Orgánica de la Auditoria General de la Provincia de Jujuy, normas legales vinculadas y demás normas reglamentarias de menor jerarquía.